Si queremos buscarle un principio a nuestras raíces podemos empezar a revivir desde comienzos de los años veinte.  En ese entonces la firma Stablissements Steverlynck exportaba telas hacia la Argentina desde sus fábricas de Bélgica. Hasta que en 1923 el gobierno argentino, les puso altos impuestos a los productos importados, para favorecer a la producción interna y la introducción de maquinarias al país. Fue por eso que a la empresa belga, tuvo que abrir una filial en el país. Para ello, la familia Steverlynck mandó a Julio, uno de sus hijos, para que se hiciera cargo del nuevo emprendimiento. El joven entusiasta llegó al país en 1924 y fundó en Valentín Alsina la Algodonera Sudamericana Flandria S.A. que más tarde se llamaría Algodonera Flandria S.A. 

Enseguida comprendió que ese era el lugar ideal para darle vida a su proyecto. En un principio se instaló en el molino, que ya poseía infraestructura motriz. Y a partir de ese momento comenzó con su increíble obra, que no fue una simple fábrica, sino que además supo crear una “comunidad modelo” aislada de las áreas urbanas. Por eso hacemos hincapié en que no es casual que hoy vivamos en un pueblo aislado del ruido y del desorden, y que cada vez que salgamos de Jáuregui, lo queramos aún más. Pero no nos desviemos de la historia. En su fábrica, Don Julio, le dio trabajo a una gran cantidad de inmigrantes, en su mayoría italianos y españoles, que escapaban de la Guerra. 

Al compás de la fábrica, el pueblo también avanzaba año a año: Se inauguró la primera iglesia, la Cooperativa Obrera de Consumos, la biblioteca, el Colegio San Luís Gonzaga, el Club Ciclista «El Pedal», la Banda y el Conjunto Teatral Rerum Novarum y, en 1939, el Club Náutico “El Timón”. Donde hoy funciona el colegio Inmaculada Concepción, y en aquel entonces se encontraba la estancia “La pebeta» donde, en 1940 se inauguró el campo de deportes “el Chano”. En esos años los empleados de la fábrica empezaron a usar esa cancha para practicar fútbol. Y unos meses después formaron un equipo al cual, por razones lógicas, llamaron Flandria, y comenzaron a participar en el torneo de la Liga Lujanense bajo ese nombre y representado por los colores amarillo y negro. 

En 1946 se le concedió la personería jurídica. En 1947 se afilió a la AFA y comenzó a participar de la Tercera de Ascenso. Una vez afiliado a la AFA, en su primer partido oficial Flandria obtiene la victoria, en un cómodo 5 a 3 ante Alumni de Villa Urquiza con goles de Caricatto, Brando, Cabral y Folgueira en dos ocasiones. Caricatto se convertiría así en el autor del primer gol oficial en la historia aurinegra.

La primera vez que Flandria hizo las veces de local en un torneo oficial AFA fue enfrentando a San Telmo y el encuentro finalizó 1 a 1 con gol de Holvoet. Ese partido se jugó en la cancha del Chano, actual cancha de fútbol infantil del colegio San Luís Gonzaga, que también se encuentra

En los años 67 y 70 Flandria alcanza las instancias finales del campeonato. A prinicipio de los 70, debido a problemas económicos llevó a la desición de no contratar jugadores caros que jugaban sus últimos años de carrera y que provenian de la primera «A» se decidío armar un equipo con jugadores de las divisiones inferiores dirigido por Pedro Mansilla quien dejara de jugar el año anterior.

En el año 1972, Flandria logra el ascenso a la 1º «B» al ganar en un partido de desempate frente a Sarmiento 3 a 1 en la cancha de Ferro, con goles de Nocella (2) y Apariente. Ese día Flandria llenó la tribuna local de Ferro siendo la vez que mas gente llevo afuera: 7000 almas canarias se acercaron ese día en una caravana con interminables festejos.

En 1979 Flandria (tras un confuso arreglo comprobado de 3 clubes de la zona sur) el canario desciende a la 1º «C; cerrando así un
capitulo que fue el más exitoso en cuanto o al nivel de competencia ya que la antigua «B» era una 2º división y entra a la etapa más dificil que le toca vivir: En 1980 con Flandria ya en la primera «C» debe  jugar un partido desempate con Barracas Central por quien descendia a la «D» en la cancha de Estudiantes de Caseros venciendolo 2 a 1. 
La decada prosigue con malas campañas a excepción de los años 83 y 85 donde logra entrar al octogonal. 

1995 es año de una de las mayores renovaciones de CD siendo el Dt Pedro Mansilla. Luego de una mala campaña, asume Omar Santorelli, (los 2 técnicos más exitosos de la historia del club), este último logra una buena campaña en el 97 y el tan ansiado ascenso a la «B».
1998 es el año del mencionado ascenso que de forma categorica y justa logra el titulo (sub campeón del apertura y campeón del clausura), venciendo en las fínales a Ituzaingó 3-0 en Estudiantes de Caseros con goles de Kaezuk de penal (2) y el restante de Basso y la revancha en Dalmine 2- 0 con tantos de Basso,un plantel integrado casi en su totalidad con jugadores de las inferiores del club.

Sin tiempo que perder, y Con la inmejorable posibilidad de volver en seis meses debido a una reestructuración; Flandria armó una buena base y encaró el torneo con el objetivo de volver lo más rápido posible. Con muchos jugadores del club y otros que volvieron para que Flandria recupere nuevamente su lugar en la “B”. Un gran arranque lo dejó desde el comienzo en lo más alto y cuando parecía que el torneo se le escapaba, una seguidilla de victorias en las últimas fechas, hizo que llegue a un desempate por el ascenso ante San Telmo: Con goles de Molina, Montenegro y Costa, venció al candombero por 3 a 1 en Florencio Varela, que le dio nuevamente a Flandria su lugar en la «B».

Sin dudas el gol de Pedro Sosa sobre el final, será uno de los más gritados y grabados en la retina de todos los hinchas, en un Carlos Vº repleto como nunca. Aquel día, Flandria venció a Almirante Brown como local y quedó a un paso del ascenso. Pero el destino quiso que sea un mano a mano y en la última fecha estaba Atlanta, escolta, quién tenía la localía a favor de cara a la final, 90 minutos por el ascenso. Flandria volvió a demostrar por que llegó hasta ahí. Nuevamente la defensa fue impenetrable y con el empate en cero se consagró. La última línea fue clave: mantuvo el arco invicto en 14 de 19 encuentros y con un equipo conformado desde lo colectivo, llegó a la Elite del ascenso. 

El 6 de marzo del 2021 comenzó el primer torneo largo luego de la pandemia: el Torneo Apertura de la Primera B Metropolitana. Con un gran comienzo, donde el Canario se mantuvo en la parte alta de la tabla durante las primeras fechas, no pudo mantenerse y finalizó quinto, dejando a Colegiales como el ganador.
El comienzo del Torneo Clausura fue similar: defendiendo el primer puesto durante el comienzo, pero sin mucha tranquilidad. Pero esta vez, el conjunto dirigido por Andrés Montenegro logró recomponerse a partir de un encuentro clave e histórico: el 7-2 a Argentino de Quilmes, de local, siendo el primer partido con público en todo el país.